If you ignore a traffic signal or fail to make a required stop at a designated stop point, you can be punished by imprisonment of up to 3 months or a fine of up to 50,000 yen.

Original text

第百十九条次の各号のいずれかに該当する者は、三月以下の拘禁刑又は五万円以下の罰金に処する。…二第七条（信号機の信号等に従う義務）、第八条（通行の禁止等）第一項又は第九条（歩行者用道路を通行する車両の義務）の規定の違反となるような行為をした者（当該行為が車両等の通行に関して行われた場合に限る。）…五第三十条（追越しを禁止する場所）、第三十三条（踏切の通過）第一項若しくは第二項、第三十八条（横断歩道等における歩行者等の優先）、第四十二条（徐行すべき場所）又は第四十三条（指定場所における一時停止）の規定の違反となるような行為をした者

Source: Road Traffic Act — 道路交通法 第百十九条 · Act No.105 of 1960