When a police officer or traffic patrol officer is directing traffic with hand signals, their signal takes priority over the traffic light, even if the two conflict.

Original text

（平４公安告４・一部改正）　第３節　警察官などの指示に従うこと　１　警察官や交通巡視員が手信号や灯火による信号（付表１（３））により交通整理を行つている場合は、この手信号や信号に従わなければなりません。この場合、手信号や灯火による信号が信号機の信号と違つていても、その警察官や交通巡視員の信号の方が優先します。２　警察官や交通巡視員が通行の方法などについて必要な指示をすることがありますが、その場合は、警察官や交通巡視員の指示に従つて行動しなければなりません。警察官が行う指示が標識・標示によつて示された交通の規制と違つていても、指示の方が優先します。第４節　道路でしてはいけないことなど（昭60公安告４・改称）　１　道路上で次のような危険なことをしてはいけません。（１）　酒に酔つてふらついたり、立ち話をしたり、座つたり、寝そべつたりなどして交通の妨げとなること。（２）　交通量の多いところでキャッチボールやローラースケートなどをすること。（３）　道路に向けて物を投げたり、発射したりすること。（４）　道路を壊したり、汚水、ごみ、くぎ、ガラス片などをまいたり、捨てたりすること。（５）　車からたばこの吸い殻、紙くず、空きかんなどを投げ捨てたり、体や物を外に出したりすること。（６）　走つている車や路面電車に外からつかまること。

Source: Rules of the Road — 交通の方法に関する教則 第1章 歩行者と運転者に共通の心得 第3節 警察官などの指示に従うこと · National Public Safety Commission Notification No.3